Rođen u Sarajevu 1954. godine, Emir Kusturica je pohađao osnovnu i srednju školu u rodnom gradu prije nego što je nastavio fakultetsko obrazovanje u Pragu. Nakon studija proveo je desetljeće radeći u Sarajevu od 1978. do 1988. prije nego što se preselio u Ameriku. Emir je u sretnom braku s Majom Mandić Kusturicom, koja je diplomirala književnost i aktivno se bavi filmskom produkcijom. Zajedno su blagoslovljeni sinom po imenu Stribor i kćeri po imenu Dunja.
Emir Kusturica je 6. svibnja 2015. godine podvrgnut obredu krštenja u pravoslavnom manastiru Savina, koji se nalazi u neposrednoj blizini Herceg Novog. Tom prilikom uzeo je ime Nemanja. Neki članovi bošnjačke zajednice ovu su odluku smatrali nelojalnom, budući da se on otvoreno identificirao kao Srbin iako su ga odgajali muslimanski roditelji.
Prema vlastitom kazivanju, otkrio je da se njegov otac izjašnjavao kao ateist i ponosno se identificirao kao Srbin. Murat Kusturica, njegov otac, bio je novinar u Sekretarijatu za informiranje Socijalističke Republike Bosne i Hercegovine (SRBiH), dok je njegova majka Senka Numanović radila kao tajnica suda. Premda je priznao muslimansko nasljeđe svojih predaka u trajanju od 250 godina, otkrio je da su oni izvorno bili pravoslavni kršćani. Objasnio je da je njihov prelazak na islam bio način preživljavanja u razdoblju kada su Turci vladali regijom. Opsežnim istraživanjem otkrio je srpske korijene svoje obitelji, ističući važnost očuvanja identiteta i nakon njegove smrti. Rođenjem je dobio državljanstvo Bosne i Hercegovine, a ima i državljanstvo Srbije i Francuske.
Kusturica je pojasnio da njegov postupak nije preobraćenje vjere, već čisto krštenje. Istaknuo je da se oduvijek identificirao kao dio srpske obitelji, kojoj pripada i njegov otac. Osvrćući se na svoju odluku da živi u Mokroj Gori, planinskom području u zapadnoj Srbiji koje je on revitalizirao, Kusturica je izrazio sklonost životu među ljudima koji ga biraju na temelju osobnih afiniteta, a ne putem izbora. Opisao je Drvengrad kao suvremenu interpretaciju samostanskog života i njegovih doprinosa. Inače u Bosni i Hercegovini ga mnogi smatraju izdajicom muslimanskog naroda.
